در برخی پرونده‌های دادگاه انقلاب که با فرجام‌خواهی به دیوان عالی کشور ارسال شده است، دیوان عالی مواردی را به عنوان نقص تحقیقات اعلام نموده که به نوعی نقص محسوب نشده و ایراد در تشخیص ماهوی دادگاه تلقی می‌شود. به عنوان مثال، به دلیل عدم اعمال تخفیف در مجازات محکوم‌علیه، دیوان دادنامه را نقض و با تلقی موضوع به نقص، پرونده را به دادگاه بدوی اعاده کرده است تا همان دادگاه مجدد اتخاذ تصمیم کند یا در مورد مشابه، با ورود در ماهیت امر، دادگاه صادرکننده رای بدوی را به صدور رای ماهوی برائت به جای محکومیت دلالت داده است؛ حال آن که این موضوع به هیچ عنوان نقص تلقی نشده و اگر هم باشد، باید پرونده به شعبه هم‌عرض ارجاع شود؛ زیرا نقص مفهوماً امری مقدماتی بوده که مقدمه‌ای برای تشخیص دادگاه و اتخاذ تصمیم ماهوی محسوب می‌شود؛ در حالی که ایرادهای دیوان عالی کشور فاقد این وصف بوده و دادگاه مجالی برای تغییر تصمیم خود ندارد. به بیانی دیگر، بر اساس اصول و مقررات، پس از اجرای نقص دادگاه باید بتواند نسبت به صدور حکم محکومیت یا برائت به انحاء آن تصمیم‌گیری کند؛ حال آن که با نواقصی که دیوان عالی کشور اعلام می کند، چنین اختیار و مجالی از دادگاه بدوی سلب شده و همانند دادیاری که قرارهایش را به تایید دادستان می‌رساند، باید طبق نظر دیوان عالی کشور مبادرت به صدور رای کند. در مواردی که درخواست دیوان عالی کشور غیر قانونی است، دادگاه بدوی چه اقدامی باید انجام دهد؟ آیا لازم است بر خلاف علم و استدلال خود وفق نظر دیوان عمل کند یا این که می تواند وفق نظر خویش عمل کرده و نظر دیوان را با استدلال رد کند؟
پاسخمطابق تبصره ماده 469 و بند «الف» ماده 470 قانون آیین دادرسی کیفری مصوب 1392، در مواردی که دیوان عالی کشور رأی را به علت نقص تحقیقات نقض می‌کند، مکلف است تمام موارد نقص تحقیقات را به تفصیل ذکر کند؛ مرجع رسیدگی نیز پس از آن باید تحقیقات مورد نظر دیوان عالی کشور را انجام دهد و سپس مبادرت به صدور رأی کند؛ بنابراین اگر مرجع رسیدگی در تحقیقات مورد نظر دیوان عالی کشور ابهامی بیابد، به منظور رفع ابهام مراتب را از دیوان عالی کشور استعلام و بعد از انجام کامل تحقیقات خواسته‌شده، به تشخیص خود رأی مقتضی صادر می‌کند.